Difference between revisions of "¿Cómo correr trabajos?"

From Supercomputación y Cálculo Científico UIS
Line 18: Line 18:
 
         </div>
 
         </div>
 
         <div class="panel-body">
 
         <div class="panel-body">
              
+
             <div class="col-md-14">
 +
                <div class="panel panel-neutral-white-border">
 +
                    <div class="panel-heading">
 +
                        <h3 class="panel-title">¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?</h3>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="panel-body">
 +
                        <p>
 +
                                1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh,  con el siguiente contenido
 +
                                {{File|serial_job.sh|<pre><nowiki>
 +
                                #!/bin/bash
 +
                                #OAR -n nombreDelTrabajo
 +
                                /camino/del/programa
 +
                                </nowiki></pre>}}         
  
<div class="col-md-14">
+
                                Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.         
    <div class="panel panel-neutral-white-border">
 
        <div class="panel-heading">
 
            <h3 class="panel-title">¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?</h3>
 
        </div>
 
        <div class="panel-body">
 
            <p>
 
1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh,  con el siguiente contenido
 
{{File|serial_job.sh|<pre><nowiki>
 
#!/bin/bash
 
#OAR -n nombreDelTrabajo
 
/camino/del/programa
 
</nowiki></pre>}}         
 
  
Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.         
+
                                2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
 
+
                                {{Command|<nowiki>oarsub ./serial_job.sh</nowiki>}}
2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
+
                        </p>
 
+
                    </div>
{{Command|<nowiki>oarsub ./serial_job.sh</nowiki>}}
+
                </div>
 
+
            </div>
</p>
+
            <div class="col-md-14">
        </div>
+
                <div class="panel panel-neutral-white-border">  
    </div>
+
                    <div class="panel-heading">
</div>
+
                        <h3 class="panel-title">¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?</h3>
 
+
                    </div>
<div class="col-md-14">
+
                    <div class="panel-body">
    <div class="panel panel-neutral-white-border">  
+
                        <p>
        <div class="panel-heading">
+
                            1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh,  con el siguiente contenido
            <h3 class="panel-title">¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?</h3>
+
                            {{File|parallel_job.sh|<pre><nowiki>
        </div>
+
                            #/bin/bash
        <div class="panel-body">
+
                            #OAR -n mpitest
            <p>
+
                            # cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh,  con el siguiente contenido
+
                            mpirun -map-by node -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable
{{File|parallel_job.sh|<pre><nowiki>
+
                            </nowiki></pre>}}           
#/bin/bash
+
                            Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente  línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre '''nodos''' que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción '''-map-by node''' distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción '''-machinefile $OAR_FILE_NODES''' indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción '''-np 96''' indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, '''./programaParaleloEjecutable''' es el programa que se desea ejecutar.
#OAR -n mpitest
 
# cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
 
mpirun -map-by node -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable
 
</nowiki></pre>}}           
 
Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente  línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre '''nodos''' que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción '''-map-by node''' distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción '''-machinefile $OAR_FILE_NODES''' indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción '''-np 96''' indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, '''./programaParaleloEjecutable''' es el programa que se desea ejecutar.
 
 
    
 
    
  
2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
+
                            2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
 
 
{{Command|<nowiki>oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh</nowiki>}}         
 
La opción '''-l nodes=2''' indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.
 
 
 
</p>
 
        </div>
 
    </div>
 
</div>
 
 
 
 
 
<div class="col-md-14">
 
    <div class="panel panel-neutral-white-border">
 
        <div class="panel-heading">
 
            <h3 class="panel-title">Ejecución de Programas Instalados en los Clusters</h3>
 
        </div>
 
        <div class="panel-body">
 
            <p>
 
preoisdfs
 
                                          <li>'''VASP'''</li>
 
sdfsdfd
 
 
 
</p>
 
        </div>
 
    </div>
 
</div>
 
  
 +
                            {{Command|<nowiki>oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh</nowiki>}}         
 +
                            La opción '''-l nodes=2''' indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.
 +
                        </p>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="col-md-14">
 +
                <div class="panel panel-neutral-white-border">
 +
                    <div class="panel-heading">
 +
                        <h3 class="panel-title">Ejecución de Programas Instalados en los Clusters</h3>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="panel-body">
 +
                        <p>
 +
                            <li>'''VASP'''</li>
  
 +
                        </p>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 
         </div>
 
         </div>
 
         <div class="panel-footer">OAR  - resource manager</div>
 
         <div class="panel-footer">OAR  - resource manager</div>
 
     </div>
 
     </div>
 
</div>
 
</div>
 
  
  
Line 103: Line 90:
 
         </div>
 
         </div>
 
         <div class="panel-body">
 
         <div class="panel-body">
              
+
             <div class="col-md-14">
 +
                <div class="panel panel-neutral-white-border">
 +
                    <div class="panel-heading">
 +
                        <h3 class="panel-title">¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?</h3>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="panel-body">
 +
                        <p>
 +
 
 +
 
 +
                        </p>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>         
 
         </div>
 
         </div>
 
         <div class="panel-footer">Slurm  - resource manager</div>
 
         <div class="panel-footer">Slurm  - resource manager</div>
 
     </div>
 
     </div>
 
</div>
 
</div>

Revision as of 02:14, 20 March 2015


Logo_sc33.png

Regresar a Wiki SC3

MANEJADORES DE TAREAS

Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria paa la ejecución de trabajos

OAR

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh, con el siguiente contenido

File: serial_job.sh
                                #!/bin/bash
                                #OAR -n nombreDelTrabajo
                                /camino/del/programa
                                
                               Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.           
                               2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
oarsub ./serial_job.sh

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?

1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh, con el siguiente contenido

File: parallel_job.sh
                            #/bin/bash
                            #OAR -n mpitest
                            # cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
                            mpirun -map-by node -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable
                            
                           Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente  línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre nodos que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción -map-by node distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción -machinefile $OAR_FILE_NODES indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción -np 96 indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, ./programaParaleloEjecutable es el programa que se desea ejecutar.
 
                           2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh
                           La opción -l nodes=2 indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.

Ejecución de Programas Instalados en los Clusters

  • VASP

  • Slurm

    ¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?