Difference between revisions of "¿Cómo correr trabajos?"

From Supercomputación y Cálculo Científico UIS
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[[File:Logo sc33.png|Logo sc33.png]]
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= MANEJADORES DE TAREAS =
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Esta sección describe el uso de los recursos del SC3
  
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Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria para la ejecución de trabajos
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=¿Cómo Compilar Programas?=
  
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== Ejecución de Programas Utilizando Slurm ==
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Para compilar un programa es necesario hacerlo en uno de los nodos de cálculo para evitar la sobre carga del nodo de entrada al cluster. Si la compilación es un proceso corto puede abrir una sesión interactiva y compilar manualmente su programa (ver la sección ¿Cómo crear una Sesión Interactiva?.
  
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=== ¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales? ===
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Si el proceso de compilación toma un tiempo considerable es necesario que creen un trabajo (job) para este fin.
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Edite un archivo de nombre '''compilar.sh''' con el siguiente contenido
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{{File|openmp.sh|<pre><nowiki>
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#!/bin/bash
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#SBATCH --nodes=1      #Numero de nodos para correr el trabajo
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#SBATCH --ntasks=1      #Numero de procesos
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comando_para_compilar
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</nowiki></pre>}}
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Donde las opciones '''--nodes=''' y '''--ntasks''' indican la solicitud de recursos para realizar la compilación. Luego, ejecute el siguiente comando para lanzar el trabajo:
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{{Command|sbatch ./compilar.sh }}
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=Ejecución de Trabajos=
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Esta sección describe el uso del planificador de tareas SLURM el cual constituye la
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herramienta obligatoria para la ejecución de trabajos
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==¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?==
  
 
Para ejecutar programas seriales pasivos, es decir, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:
 
Para ejecutar programas seriales pasivos, es decir, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:
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{{Command|srun ./programa &> salida &}}
 
{{Command|srun ./programa &> salida &}}
  
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Este comando ejecuta '''./programa''' en alguno de los nodos del cluster. El argumento '''&> salida''' indica que tanto la salida como los errores se almacenan en un archivo de nombre '''salida''' que se creará en el mismo directorio desde donde se ejecutó el programa. Finalmente, el últmo caracter '''&''' es para liberar la cónsola desde donde se lanza la ejecución del programa.
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Este comando ejecuta '''./programa''' en alguno de los nodos del cluster. El argumento '''&> salida''' indica que  
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tanto la salida como los errores se almacenan en un archivo de nombre '''salida''' que se creará en el mismo  
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directorio desde donde se ejecutó el programa. Finalmente, el últmo caracter '''&''' es para liberar la cónsola  
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desde donde se lanza la ejecución del programa.
  
  
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==¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales Usando un Script Shell?==
  
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=== ¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales Usando un Script Shell? ===
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Para ejecutar programas seriales pasivos utilizando un script shell, que no requieran de alguna entrada de  
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parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:
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Para ejecutar programas seriales pasivos utilizando un script shell, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:
 
  
 
{{Command|sbatch ./script.sh }}
 
{{Command|sbatch ./script.sh }}
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==¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMP? (Memoria Compartida)==
  
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=== ¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMP? (Memoria Compartida) ===
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Para ejecutar programas paralelos con OpenMP edite un script shell con el siguiente contenido:
  
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Para ejecutar programas paralelos con OpenMP edite un script shell con el siguiente contenido:
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{{File|openmp.sh|<pre><nowiki>
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#!/bin/bash
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{{File|openmp.sh|
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export OMP_NUM_THREADS=4
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<pre />
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./programa_ejecutable > salida
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}}
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</nowiki></pre>}}
  
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línea '''export OMP_NUM_THREADS=4''' indica que se utilizarán 4 hilos de ejecución. El valor de esta variable debe fijarse según las necesidades y características de su programa ejecutable ('''programa_ejecutable'''). Recuerde que los nodos de guane tienen capacidad de 16 y 24 hilos. Si quiere utilizar la máxima capacidad de hilos de un nodo puede descomentar la segunda línea simplemente eliminando el caracter # y colocándolo al principio de la tercera línea. Luego, ejecute siguiente comando:
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línea '''export OMP_NUM_THREADS=4''' indica que se utilizarán 4 hilos de ejecución. El valor de esta variable  
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debe fijarse según las necesidades y características de su programa ejecutable ('''programa_ejecutable''').  
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Recuerde que los nodos de guane tienen capacidad de 16 y 24 hilos. Si quiere utilizar la máxima capacidad de  
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hilos de un nodo puede descomentar la segunda línea simplemente eliminando el caracter # y colocándolo al  
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principio de la tercera línea. Luego, ejecute siguiente comando:
  
 
{{Command|sbatch ./script.sh }}
 
{{Command|sbatch ./script.sh }}
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== ¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMPI? (Memoria Distribuida) ==
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Para ejecutar programas paralelos con OpenMPI edite un script shell con el siguiente contenido:
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{{File|mpi.sh|
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<pre>
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#!/bin/bash
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#SBATCH --partition=all  #Seleccione los nodos para el trabajo de todos el conjunto de nodos de cómputo del cluster
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#SBATCH -o mpi.%j.out    #Nombre del archivo de salida
 +
#SBATCH -J mpiJob        #Nombre del trabajo
 +
#SBATCH --nodes=2        #Numero de nodos para correr el trabajo
 +
#SBATCH --ntasks=20      #Numero de procesos
 +
#SBATCH --tasks-per-node=10  #Numero de trabajos por nodo
  
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=== ¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMPI? (Memoria Distribuida) ===
+
#Prepara el ambiente de trabajo
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export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/local/slurm/lib/libpmi.so
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ulimit -l unlimited
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export OMPI_MCA_btl=^openib
  
−
Para ejecutar programas paralelos con OpenMPI edite un script shell con el siguiente contenido: {{File|mpi.sh|
+
#Ejecuta el programa paralelo
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<pre />
+
srun  --network=Devname=mlx4_0,Devtype=IB  ./programaMPIejecutable
 +
</pre>
 
}}
 
}}
  
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Este comando ejecuta el script '''./mpi.sh''' en el conjunto de los nodos del cluster.
 
Este comando ejecuta el script '''./mpi.sh''' en el conjunto de los nodos del cluster.
  
−
 
+
==¿Cómo Eliminar un Trabajo?==
−
 
 
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=== ¿Cómo Eliminar un Trabajo? ===
 
  
 
Ejecute el siguiente comando:
 
Ejecute el siguiente comando:
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=== ¿Cómo Crear una Sesión Interactiva? ===
+
==¿Cómo Crear una Sesión Interactiva?==
 +
Las secciones interactivas se utilizan para conectarse directamente a uno de los nodos de cálculo para fines de pruebas cortas o compilación de programas.
  
 
Ejecute los siguientes comandos:
 
Ejecute los siguientes comandos:
  
−
{{Command|salloc --partition=all --nodes=1 --time=01:00:00 srun --pty bash }}
+
{{Command|<nowiki>salloc --partition=all --nodes=1 --time=01:00:00 srun --pty bash </nowiki>}}
  
 
Esto abre un shell a un nodo del cluster. .
 
Esto abre un shell a un nodo del cluster. .
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−
=== ¿Cómo Ver la Cola de Trabajos? ===
+
==¿Cómo Ver la Cola de Trabajos?==
  
 
Ejecute el siguiente comando:
 
Ejecute el siguiente comando:
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{{Command|squeue }}
 
{{Command|squeue }}
  
−
Este comando muestra las tareas que se encuentran en la cola. La primera columna muestra el identificador del trabajo. Cada tarea puede tener un estado diferente:
+
Este comando muestra las tareas que se encuentran en la cola. La primera columna muestra el identificador del  
 +
trabajo. Cada tarea puede tener un estado diferente:
  
−
*'''PD''' Pendiente o en espera
+
<ul>
−
*'''R''' En ejecución
+
<li>'''PD''' Pendiente o en espera </li>
−
*'''CD''' El trabajo se ha completado en todos los nodos
+
<li>'''R''' En ejecución </li>
 +
<li>'''CD''' El trabajo se ha completado en todos los nodos</li>
 +
</ul>
  
 
Para más información ejecute el comando
 
Para más información ejecute el comando
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−
=== ¿Cómo Hacer Uso de GPUs? ===
+
==¿Cómo Hacer Uso de GPUs?==
  
−
Agregue la opción '''--gres=gpu:N''' a los comandos '''srun''' o '''sbatch''' para especificar el uso de GPUs, done '''N''' es un número entero que indica la cantidad de GPUs a utilizar. En el caso del cluster guane va de 1 a 8.
+
Agregue la opción '''--gres=gpu:N''' a los comandos '''srun''' o '''sbatch''' para especificar el uso de GPUs,  
 +
done '''N''' es un número entero que indica la cantidad de GPUs a utilizar. En el caso del cluster guane va  
 +
de 1 a 8.
  
  
  
−
=== ¿Cómo Correr VASP? ===
+
==¿Cómo Correr VASP?==
  
−
En el directorio donde están los archivos de entrada de VASP cree un script de nombre vasp.sh con el siguiente contenido:
+
En el directorio donde están los archivos de entrada de VASP cree un script de nombre vasp.sh con el siguiente  
 +
contenido:
  
−
{{File|vasp.sh|
+
{{File|vasp.sh|<pre><nowiki>
−
<pre />
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#!/bin/bash
−
}}
+
#SBATCH --partition=all
 +
#SBATCH -o vasp.%j.out
 +
#SBATCH -J vasp:test
 +
#SBATCH --nodes=1
 +
#SBATCH --ntasks=48
 +
#SBATCH --tasks-per-node=24
 +
# set I_MPI_PMI_LIBRARY to link with SLURM
 +
export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/local/slurm/lib/libpmi.so
 +
source /usr/local/intel/parallel_studio_xe_2015/bin/psxevars.sh intel64 2> /dev/null
 +
ulimit -s unlimited -c unlimited
 +
export OMPI_MCA_btl=^openib
 +
srun  vasp
 +
</nowiki></pre>}}
  
 
Luego, ejecute el siguiente comando
 
Luego, ejecute el siguiente comando
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−
=== ¿Cómo Correr Quantum Espresso? ===
+
== ¿Cómo Correr Quantum Espresso? ==
  
 
En el directorio donde están los archivos de entrada de Quantum Espresso cree un script de nombre '''run.sh''' con el siguiente contenido:
 
En el directorio donde están los archivos de entrada de Quantum Espresso cree un script de nombre '''run.sh''' con el siguiente contenido:
  
 
{{File|run.sh|
 
{{File|run.sh|
−
<pre />
+
<pre>
 +
#!/bin/bash
 +
#SBATCH --partition=all
 +
#SBATCH -o qe.%j.out                    #Nombre del archivo de salida
 +
#SBATCH -J qe:test                      #Nombre del trabajo
 +
#SBATCH --nodes=2                        #Numero de nodos para correr el trabajo
 +
#SBATCH --ntasks=20                      #Numero de procesos
 +
#SBATCH --tasks-per-node=10              #Numero de trabajos por nodo
 +
# set I_MPI_PMI_LIBRARY to link with SLURM
 +
export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/local/slurm/lib/libpmi.so
 +
source /usr/local/intel/parallel_studio_xe_2016.3.067/psxevars.sh intel64 2> /dev/null
 +
ulimit -s unlimited -c unlimited
 +
export OMPI_MCA_btl=^openib
 +
srun  pw.x < archivo.in > salida
 +
</pre>
 
}}
 
}}
  
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{{Command|sbatch ./run.sh}}
 
{{Command|sbatch ./run.sh}}
  
 +
== Ejecutar Python Notebooks ==
 +
 +
Edite un archivo de nombre '''jupiter.batch''' y agregue el siguiente contenido
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 +
{{File|jupyter.batch|
 +
 +
<pre>
 +
#!/bin/sh
 +
#SBATCH --partition=all
 +
#SBATCH --time=24:00:00
 +
#SBATCH --nodes=1
 +
#SBATCH --job-name="Jupyterhub_test"
 +
#SBATCH --output=jupyterhub.out
 +
#SBATCH --ntasks-per-node=1
 +
#SBATCH --gres=gpu:3
 +
cp /opt/jupyterhub/jupyterhub_config.py .
 +
sudo jupyterhub
 +
</pre>
 +
 +
}}
 +
 +
Luego, ejecute el siguiente comando
 +
 +
{{Command| sbatch jupyter.batch}}
 +
 +
Tome nota del nodo de Guane donde se ejecuta la tarea. Puede ver el nombre del nodo con el comando
 +
 +
{{Command| squeue}}
 +
 +
Este comando le mostrará una salida parecida a la siguiente
 +
 +
8788      all  jupyter  rramosp  R 16-05:10:23      1 guane10
 +
 +
En este ejemplo el programa '''jupyter''', que permite la ejecución de los notebooks, se ejecuta
 +
en el nodo '''guane10'''
 +
 +
Despues, abra el siguiente URL en un navegador
 +
 +
www.sc3.uis.edu.co/guaneJ10
 +
 +
Ingrese su '''login''' y contraseña, navegue por sus archivos y abra el notebook.
 +
 +
==¿Cómo Ejecutar Matlab?==
 +
 +
Antes de correr su trabajo de matlab debe transferir el código de matlab al súper computador (Vea la sección: [http://wiki.sc3.uis.edu.co/index.php/%C2%BFC%C3%B3mo_Acceder_a_los_Recursos%3F ¿Cómo Acceder a los Recursos?])
 +
 +
===Trabajo Serial de Matlab===
 +
Edite un script shell de nombre '''matlabSerial.sh''' para especificar los recursos necesarios para correr su trabajo de matlab. Ejemplo:
 +
 +
{{File|matlabSerial.sh|
 +
 +
<pre>
 +
#!/bin/bash
 +
 +
#Nombre del trabajo
 +
#SBATCH --job-name=MatlabSerial
  
 +
#Nombre del archivo de salida
 +
#SBATCH -o matlabSerial.%j.out
  
−
== Ejecutar Programas Utilizando OAR ==
+
#Grupo de nodos a utilizar
 +
#SBATCH --partition=all
  
−
=== ¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales? ===
+
#Numero de procesos
 +
#SBATCH --ntasks=1
  
−
Edite un script shell, de nombre '''serial_job.sh''', con el siguiente contenido
+
#Tiempo máximo de ejecución
 +
#SBATCH --time=24:00:00
  
−
{{File|serial_job.sh|
+
#Numero de nodos para correr el trabajo
−
<pre />
+
#SBATCH -N 1
 +
 
 +
#Ejecutar Matlab
 +
matlab -nodisplay < programaSerialMatlab.m
 +
</pre>
 
}}
 
}}
  
−
Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.
+
Luego, ejecute el siguiente comando:
  
−
Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
+
{{Command| sbatch matlabSerial.sh}}
  
−
{{Command|oarsub ./serial_job.sh}}
+
===Trabajo Paralelo de Matlab===
 +
Para aprender como paralelizar un programa de matlab vaya al siguiente enlace [https://la.mathworks.com/help/distcomp/ parallel toolbox]
  
 +
Edite un script shell de nombre '''matlabParalelo.sh''' para especificar los recursos necesarios para correr su trabajo de matlab. Ejemplo:
  
 +
{{File|matlabParalelo.sh|
  
−
=== ¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI? ===
+
<pre>
 +
#!/bin/bash
  
−
Edite un script shell, de nombre '''parallel_job.sh''', con el siguiente contenido
+
#Nombre del trabajo
 +
#SBATCH --job-name=Matlab
  
−
{{File|parallel_job.sh|
+
#Nombre del archivo de salida
−
<pre />
+
#SBATCH -o simulacion1.%j.out
−
}}
+
 
 +
#Grupo de nodos a utilizar
 +
#SBATCH --partition=all
 +
 
 +
#Numero de procesos
 +
#SBATCH --ntasks=4
 +
 
 +
#Tiempo máximo de ejecución
 +
#SBATCH --time=24:00:00
 +
 
 +
#Numero de nodos para correr el trabajo
 +
#SBATCH -N 1
  
−
Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre '''nodos''' que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción '''-map-by node''' distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción '''-machinefile $OAR_FILE_NODES''' indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción '''-np 96''' indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, '''./programaParaleloEjecutable''' es el programa que se desea ejecutar.
+
#Ejecutar Matlab
 +
matlab -nodisplay < programaMatlabParalelo.m
  
−
Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
+
</pre>
 +
}}
  
−
{{Command| oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh }}
+
Luego, ejecute el siguiente comando:
  
−
La opción '''-l nodes=2''' indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.
+
{{Command| sbatch matlabParalelo.sh}}

Revision as of 14:37, 23 October 2018

Logo sc33.png

Esta sección describe el uso de los recursos del SC3

¿Cómo Compilar Programas?

Para compilar un programa es necesario hacerlo en uno de los nodos de cálculo para evitar la sobre carga del nodo de entrada al cluster. Si la compilación es un proceso corto puede abrir una sesión interactiva y compilar manualmente su programa (ver la sección ¿Cómo crear una Sesión Interactiva?.

Si el proceso de compilación toma un tiempo considerable es necesario que creen un trabajo (job) para este fin.

Edite un archivo de nombre compilar.sh con el siguiente contenido

File: openmp.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1       #Numero de nodos para correr el trabajo
#SBATCH --ntasks=1      #Numero de procesos

comando_para_compilar

Donde las opciones --nodes= y --ntasks indican la solicitud de recursos para realizar la compilación. Luego, ejecute el siguiente comando para lanzar el trabajo:

sbatch ./compilar.sh


Ejecución de Trabajos

Esta sección describe el uso del planificador de tareas SLURM el cual constituye la herramienta obligatoria para la ejecución de trabajos

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

Para ejecutar programas seriales pasivos, es decir, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:

srun ./programa &> salida &


Este comando ejecuta ./programa en alguno de los nodos del cluster. El argumento &> salida indica que tanto la salida como los errores se almacenan en un archivo de nombre salida que se creará en el mismo directorio desde donde se ejecutó el programa. Finalmente, el últmo caracter & es para liberar la cónsola desde donde se lanza la ejecución del programa.


¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales Usando un Script Shell?

Para ejecutar programas seriales pasivos utilizando un script shell, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:

sbatch ./script.sh


Este comando ejecuta ./script.sh en alguno de los nodos del cluster. .


¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMP? (Memoria Compartida)

Para ejecutar programas paralelos con OpenMP edite un script shell con el siguiente contenido:

File: openmp.sh
#!/bin/bash
export OMP_NUM_THREADS=4
./programa_ejecutable > salida

línea export OMP_NUM_THREADS=4 indica que se utilizarán 4 hilos de ejecución. El valor de esta variable debe fijarse según las necesidades y características de su programa ejecutable (programa_ejecutable). Recuerde que los nodos de guane tienen capacidad de 16 y 24 hilos. Si quiere utilizar la máxima capacidad de hilos de un nodo puede descomentar la segunda línea simplemente eliminando el caracter # y colocándolo al principio de la tercera línea. Luego, ejecute siguiente comando:

sbatch ./script.sh


Este comando ejecuta el script ./openmp.sh en alguno de los nodos del cluster.


¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMPI? (Memoria Distribuida)

Para ejecutar programas paralelos con OpenMPI edite un script shell con el siguiente contenido:

File: mpi.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=all  #Seleccione los nodos para el trabajo de todos el conjunto de nodos de cómputo del cluster
#SBATCH -o mpi.%j.out    #Nombre del archivo de salida
#SBATCH -J mpiJob        #Nombre del trabajo
#SBATCH --nodes=2        #Numero de nodos para correr el trabajo
#SBATCH --ntasks=20      #Numero de procesos
#SBATCH --tasks-per-node=10   #Numero de trabajos por nodo

#Prepara el ambiente de trabajo
export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/local/slurm/lib/libpmi.so
ulimit -l unlimited
export OMPI_MCA_btl=^openib

#Ejecuta el programa paralelo
srun  --network=Devname=mlx4_0,Devtype=IB  ./programaMPIejecutable

Las líneas que comienzan con la palabra reservada #SBATCH indican las opciones del trabajo paralelo. La opción --partition=all indica que los nodos necesrios para ejecutar el trabajo se seleccionarán de todo el conjunto de nodos del cluster. Guane cuenta con 5 nodos de 8 cores doble hebra (16 hilos de ejecución) y el resto de 12 cores doble hebra (24 hilos de ejecución). Así, usted puede seleccionar las siguientes particiones:

  • manycores16
  • manycores24
  • all

La opción --nodes=2. solicita 2 nodos de cómputo para la tarea, la opción --ntasks=20 indica que se ejecutarán 20 procesos. La opción --ntasks-per-node=10 indica que los 20 procesos se distribuirán de a 10 procesos por nodo. Despues, el resto de las líneas preparan las variables de ambiente necesarias para el trabajo paralelo. Finalmente, en la última línea, se especifica el programa ejecutable (programaMPIejecutable). Recuerde que los nodos de guane tienen capacidad de 16 y 24 hilos. Luego, ejecute siguiente comando:

sbatch ./mpi.sh


Este comando ejecuta el script ./mpi.sh en el conjunto de los nodos del cluster.

¿Cómo Eliminar un Trabajo?

Ejecute el siguiente comando:

scancel ID


Donde ID es el identificador del trabajo. Este se puede visualizar con el comando squeue.


¿Cómo Crear una Sesión Interactiva?

Las secciones interactivas se utilizan para conectarse directamente a uno de los nodos de cálculo para fines de pruebas cortas o compilación de programas.

Ejecute los siguientes comandos:

salloc --partition=all --nodes=1 --time=01:00:00 srun --pty bash


Esto abre un shell a un nodo del cluster. .

NOTE: Use este comando sólo para pruebas. Todos los trabajos deben ser ejecutados en modo batch



¿Cómo Ver la Cola de Trabajos?

Ejecute el siguiente comando:

squeue


Este comando muestra las tareas que se encuentran en la cola. La primera columna muestra el identificador del trabajo. Cada tarea puede tener un estado diferente:

  • PD Pendiente o en espera
  • R En ejecución
  • CD El trabajo se ha completado en todos los nodos

Para más información ejecute el comando

man squeue



¿Cómo Hacer Uso de GPUs?

Agregue la opción --gres=gpu:N a los comandos srun o sbatch para especificar el uso de GPUs, done N es un número entero que indica la cantidad de GPUs a utilizar. En el caso del cluster guane va de 1 a 8.


¿Cómo Correr VASP?

En el directorio donde están los archivos de entrada de VASP cree un script de nombre vasp.sh con el siguiente contenido:

File: vasp.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=all 
#SBATCH -o vasp.%j.out 
#SBATCH -J vasp:test 
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks=48
#SBATCH --tasks-per-node=24 
# set I_MPI_PMI_LIBRARY to link with SLURM 
export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/local/slurm/lib/libpmi.so 
source /usr/local/intel/parallel_studio_xe_2015/bin/psxevars.sh intel64 2> /dev/null 
ulimit -s unlimited -c unlimited 
export OMPI_MCA_btl=^openib
srun  vasp

Luego, ejecute el siguiente comando

sbatch ./vasp.sh



¿Cómo Correr Quantum Espresso?

En el directorio donde están los archivos de entrada de Quantum Espresso cree un script de nombre run.sh con el siguiente contenido:

File: run.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=all 
#SBATCH -o qe.%j.out                     #Nombre del archivo de salida
#SBATCH -J qe:test                       #Nombre del trabajo
#SBATCH --nodes=2                        #Numero de nodos para correr el trabajo
#SBATCH --ntasks=20                      #Numero de procesos
#SBATCH --tasks-per-node=10              #Numero de trabajos por nodo
# set I_MPI_PMI_LIBRARY to link with SLURM 
export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/local/slurm/lib/libpmi.so 
source /usr/local/intel/parallel_studio_xe_2016.3.067/psxevars.sh intel64 2> /dev/null 
ulimit -s unlimited -c unlimited
export OMPI_MCA_btl=^openib
srun  pw.x < archivo.in > salida

Luego, ejecute el siguiente comando

sbatch ./run.sh


Ejecutar Python Notebooks

Edite un archivo de nombre jupiter.batch y agregue el siguiente contenido

File: jupyter.batch
#!/bin/sh
#SBATCH --partition=all
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --job-name="Jupyterhub_test"
#SBATCH --output=jupyterhub.out
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --gres=gpu:3
cp /opt/jupyterhub/jupyterhub_config.py .
sudo jupyterhub

Luego, ejecute el siguiente comando

sbatch jupyter.batch


Tome nota del nodo de Guane donde se ejecuta la tarea. Puede ver el nombre del nodo con el comando

squeue


Este comando le mostrará una salida parecida a la siguiente 

8788       all  jupyter  rramosp  R 16-05:10:23      1 guane10

En este ejemplo el programa jupyter, que permite la ejecución de los notebooks, se ejecuta en el nodo guane10

Despues, abra el siguiente URL en un navegador 

www.sc3.uis.edu.co/guaneJ10

Ingrese su login y contraseña, navegue por sus archivos y abra el notebook.

¿Cómo Ejecutar Matlab?

Antes de correr su trabajo de matlab debe transferir el código de matlab al súper computador (Vea la sección: ¿Cómo Acceder a los Recursos?)

Trabajo Serial de Matlab

Edite un script shell de nombre matlabSerial.sh para especificar los recursos necesarios para correr su trabajo de matlab. Ejemplo:

File: matlabSerial.sh
#!/bin/bash

#Nombre del trabajo
#SBATCH --job-name=MatlabSerial

#Nombre del archivo de salida
#SBATCH -o matlabSerial.%j.out

#Grupo de nodos a utilizar
#SBATCH --partition=all

#Numero de procesos
#SBATCH --ntasks=1

#Tiempo máximo de ejecución
#SBATCH --time=24:00:00

#Numero de nodos para correr el trabajo
#SBATCH -N 1

#Ejecutar Matlab
matlab -nodisplay < programaSerialMatlab.m

Luego, ejecute el siguiente comando:

sbatch matlabSerial.sh


Trabajo Paralelo de Matlab

Para aprender como paralelizar un programa de matlab vaya al siguiente enlace parallel toolbox

Edite un script shell de nombre matlabParalelo.sh para especificar los recursos necesarios para correr su trabajo de matlab. Ejemplo:

File: matlabParalelo.sh
#!/bin/bash

#Nombre del trabajo
#SBATCH --job-name=Matlab

#Nombre del archivo de salida
#SBATCH -o simulacion1.%j.out

#Grupo de nodos a utilizar
#SBATCH --partition=all

#Numero de procesos
#SBATCH --ntasks=4

#Tiempo máximo de ejecución
#SBATCH --time=24:00:00

#Numero de nodos para correr el trabajo
#SBATCH -N 1

#Ejecutar Matlab
matlab -nodisplay < programaMatlabParalelo.m

Luego, ejecute el siguiente comando:

sbatch matlabParalelo.sh
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