Difference between revisions of "¿Cómo correr trabajos?"

From Supercomputación y Cálculo Científico UIS
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<h4>MANEJADORES DE TAREAS</h4>
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            <p class="bs">Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria paa la ejecución de trabajos</p>
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{{File|serial_job.sh|
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                                1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh,  con el siguiente contenido
 
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{{File|serial_job.sh|<pre><nowiki>
 
 
#!/bin/bash
 
#!/bin/bash
 
#OAR -n nombreDelTrabajo
 
#OAR -n nombreDelTrabajo
 
/camino/del/programa
 
/camino/del/programa
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</nowiki></pre>}}        
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                                Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.          
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<p>Las primera l&iacute;nea indica que el archivo es un script shell. La segunda l&iacute;nea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gesti&oacute;n de tareas. La &uacute;ltima l&iacute;nea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.</p>
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<p>2) Luego, ub&iacute;quese en el mismo directorio donde cre&oacute; el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando</p>
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{{Command|oarsub ./serial_job.sh}}</div>
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                                2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
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<p>1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh,  con el siguiente contenido</p>
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                        <h3 class="panel-title">¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?</h3>
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{{File|parallel_job.sh|
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                            1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh,  con el siguiente contenido
 
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{{File|parallel_job.sh|<pre><nowiki>
 
 
#/bin/bash
 
#/bin/bash
 
#OAR -n mpitest
 
#OAR -n mpitest
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# cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
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# cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq &gt; nodos #Si descomenta esta l&iacute;nea podr&aacute; conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
 
mpirun -map-by node -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable
 
mpirun -map-by node -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable
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</nowiki></pre>}}
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                            Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente  línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre '''nodos''' que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción '''-map-by node''' distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción '''-machinefile $OAR_FILE_NODES''' indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción '''-np 96''' indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, '''./programaParaleloEjecutable''' es el programa que se desea ejecutar.
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<p>Las primera l&iacute;nea indica que el archivo es un script shell. La segunda l&iacute;nea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gesti&oacute;n de tareas. La siguiente  l&iacute;nea est&aacute; comentada (comienza con #), si la descomenta generar&aacute; un archivo de nobre '''nodos''' que tendr&aacute; los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la &uacute;ltima l&iacute;nea ejecutar&aacute; el programa paralelo MPI. la opci&oacute;n '''-map-by node''' distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opci&oacute;n '''-machinefile $OAR_FILE_NODES''' indica en cuales nodos se ejecutar&aacute; el programa paralelo; estos son seleccionados autom&aacute;ticamente por OAR.. La opci&oacute;n '''-np 96''' indica cuantos procesos se generar&aacute;n (usted lo puede cambiar seg&uacute;n sus necesidades) y por &uacute;ltimo, '''./programaParaleloEjecutable''' es el programa que se desea ejecutar.</p>
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<p>2) Luego, ub&iacute;quese en el mismo directorio donde cre&oacute; el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando</p>
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{{Command|oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh}}
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                            2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
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<p>La opci&oacute;n '''-l nodes=2''' indica que el trabajo se ejecutar&aacute; en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.</p>
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                            {{Command|<nowiki>oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh</nowiki>}}          
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                        <p>                          
 
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                            La opción '''-l nodes=2''' indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.
 
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<h3 class="panel-title">Ejecución de Programas Utilizando Slurm</h3>
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Revision as of 16:31, 10 August 2015

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  Wiki SC3

 

MANEJADORES DE TAREAS

Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria paa la ejecución de trabajos

Ejecutar Programas Utilizando OAR

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh, con el siguiente contenido

File: serial_job.sh
#!/bin/bash
#OAR -n nombreDelTrabajo
/camino/del/programa

Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.

2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

oarsub ./serial_job.sh

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?

1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh, con el siguiente contenido

File: parallel_job.sh
#/bin/bash
#OAR -n mpitest
# cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
mpirun -map-by node -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable

Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre nodos que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción -map-by node distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción -machinefile $OAR_FILE_NODES indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción -np 96 indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, ./programaParaleloEjecutable es el programa que se desea ejecutar.

2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

{{{1}}}

La opción -l nodes=2 indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.

Ejecución de Programas Utilizando Slurm

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

 

Slurm - resource manager


Ejecución de Programas Instalados en los Clusters

 

  • VASP

 

OAR - resource manager
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