¿Cómo correr trabajos?
MANEJADORES DE TAREAS
Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria paa la ejecución de trabajos
Ejecución de Programas Utilizando Slurm
¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?
Ejecutar Programas Utilizando OAR
¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?
1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh, con el siguiente contenido
#!/bin/bash #OAR -n nombreDelTrabajo /camino/del/programa
Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.
2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?
1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh, con el siguiente contenido
#/bin/bash #OAR -n mpitest # cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo mpirun -map-by node -mca btl ^openib -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable
Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre nodos que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción -map-by node distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción -machinefile $OAR_FILE_NODES indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción -np 96 indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, ./programaParaleloEjecutable es el programa que se desea ejecutar.
2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando
La opción -l nodes=2 indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.
