¿Cómo correr trabajos?

 

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MANEJADORES DE TAREAS

Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria paa la ejecución de trabajos

Ejecución de Programas Utilizando Slurm

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

Para ejecutar programas seriales pasivos, es decir, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:

srun ./programa &> salida &

Este comando ejecuta ./programa en alguno de los nodos del cluster. El argumento &> salida indica que tanto la salida como los errores se almacenan en un archivo de nombre salida que se creará en el mismo directorio desde donde se ejecutó el programa. Finalmente, el últmo caracter & es para liberar la cónsola desde donde se lanza la ejecución del programa.

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales Usando un Script Shell?

Para ejecutar programas seriales pasivos utilizando un script shell, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:

sbatch ./script.sh

Este comando ejecuta ./script.sh en alguno de los nodos del cluster. .

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMP?

Para ejecutar programas paralelos con OpenMP (Memoria Compartida) edite un script shell con el siguiente contenido:

File: openmp.sh

#!/bin/bash
#!/bin/bash
#export OMP_NUM_THREADS=`grep processor /proc/cpuinfo | wc -l`
export OMP_NUM_THREADS=4
./programa_ejecutable > salida

La línea export OMP_NUM_THREADS=4 indica que se utilizarán 4 hilos de ejecución. El valor de esta variable debe fijarse según las necesidades y características de su programa ejecutable (programa_ejecutable). Recuerde que los nodos de guane tienen capacidad de 16 y 24 hilos. Si quiere utilizar la máxima capacidad de hilos de un nodo puede descomentar la segunda línea simplemente eliminando el caracter # y colocándolo al principio de la tercera línea. Luego, ejecute siguiente comando:

sbatch ./script.sh

Este comando ejecuta el script ./openmp.sh en alguno de los nodos del cluster.

Ejecutar Programas Utilizando OAR

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh, con el siguiente contenido

File: serial_job.sh

#!/bin/bash
#OAR -n nombreDelTrabajo
/camino/del/programa

Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.

2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

oarsub ./serial_job.sh

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?

1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh, con el siguiente contenido

File: parallel_job.sh

#/bin/bash
#OAR -n mpitest
# cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
mpirun -map-by node  -mca btl ^openib -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable

Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre nodos que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción -map-by node distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción -machinefile $OAR_FILE_NODES indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción -np 96 indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, ./programaParaleloEjecutable es el programa que se desea ejecutar.

2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh

La opción -l nodes=2 indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.