¿Cómo correr trabajos?

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MANEJADORES DE TAREAS

Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria paa la ejecución de trabajos

OAR

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh, con el siguiente contenido

File: serial_job.sh

                                #!/bin/bash
                                #OAR -n nombreDelTrabajo
                                /camino/del/programa
                                

                               Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.           

                               2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

oarsub ./serial_job.sh

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?

1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh, con el siguiente contenido

File: parallel_job.sh

                            #/bin/bash
                            #OAR -n mpitest
                            # cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
                            mpirun -map-by node -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable
                            

                           Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente  línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre nodos que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción -map-by node distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción -machinefile $OAR_FILE_NODES indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción -np 96 indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, ./programaParaleloEjecutable es el programa que se desea ejecutar.
 

                           2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh

                           La opción -l nodes=2 indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.

Ejecución de Programas Instalados en los Clusters

• VASP

OAR - resource manager

Slurm

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

Slurm - resource manager