¿Cómo correr trabajos?

 

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MANEJADORES DE TAREAS

Esta sección describe el uso de los manejadores de tareas utilizados en el SC3, los cuales constituyen la herramienta obligatoria paa la ejecución de trabajos

Ejecución de Programas Utilizando Slurm

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

Para ejecutar programas seriales pasivos, es decir, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:

srun ./programa &> salida &

Este comando ejecuta ./programa en alguno de los nodos del cluster. El argumento &> salida indica que tanto la salida como los errores se almacenan en un archivo de nombre salida que se creará en el mismo directorio desde donde se ejecutó el programa. Finalmente, el últmo caracter & es para liberar la cónsola desde donde se lanza la ejecución del programa.

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales Usando un Script Shell?

Para ejecutar programas seriales pasivos utilizando un script shell, que no requieran de alguna entrada de parámetros de forma interactiva, ejecute un comando como el que sigue:

sbatch ./script.sh

Este comando ejecuta ./script.sh en alguno de los nodos del cluster. .

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMP? (Memoria Compartida)

Para ejecutar programas paralelos con OpenMP edite un script shell con el siguiente contenido:

File: openmp.sh

#!/bin/bash
#export OMP_NUM_THREADS=`grep processor /proc/cpuinfo | wc -l`
export OMP_NUM_THREADS=4
./programa_ejecutable > salida

La línea export OMP_NUM_THREADS=4 indica que se utilizarán 4 hilos de ejecución. El valor de esta variable debe fijarse según las necesidades y características de su programa ejecutable (programa_ejecutable). Recuerde que los nodos de guane tienen capacidad de 16 y 24 hilos. Si quiere utilizar la máxima capacidad de hilos de un nodo puede descomentar la segunda línea simplemente eliminando el caracter # y colocándolo al principio de la tercera línea. Luego, ejecute siguiente comando:

sbatch ./script.sh

Este comando ejecuta el script ./openmp.sh en alguno de los nodos del cluster.

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos con OpenMPI? (Memoria Distribuida)

Para ejecutar programas paralelos con OpenMPI edite un script shell con el siguiente contenido:

File: mpi.sh

#!/bin/bash
#echo $SLURM_NODELIST | sort | uniq > nodos
mpirun --map-by node -mca btl ^openib -np 20 ./programaMPIejecutable

Descomente la línea #echo $SLURM_NODELIST | sort | uniq > nodos si desea conocer los nodos asignados a la tarea. La opción --map-by node balancea el número de procesos de MPI en todos los nodos solicitados. La opción -mca btl ^openib obligan el uso de la red de alta velocidad infiniband. La opción -np 20 indica que se crearán 20 procesos de MPI, puede cambiar este valor de acuerdo a sus necesidades. Finalmente se especifica el programa ejecutable (programaMPIejecutable). Recuerde que los nodos de guane tienen capacidad de 16 y 24 hilos. Luego, ejecute siguiente comando:

sbatch --partition=all --nodes=2 --ntasks-per-node=10 ./mpi.sh

Este comando ejecuta el script ./mpi.sh en el conjunto de los nodos del cluster. seleccionados con la opción --nodes=2. La opción --partition=all indica que los nodos necesrios para ejecutar el trabajo se seleccionarán de todo el conjunto de nodos del cluster. Guane cuenta con 5 nodos de 8 cores doble hebra (16 hilos de ejecución) y el resto de 12 cores doble hebra (24 hilos de ejecución). Así, usted puede seleccionar las siguientes particiones:

• manycores16
• manycores24
• all

Finalmente, la opción --ntasks-per-node=10 indica que se ejecutarán 10 procesos por nodo.

 

¿Cómo Eliminar un Trabajo?

Ejecute el siguiente comando:

scancel ID

Donde ID es el identificador del trabajo. Este se puede visualizar con el comando squeue.

¿Cómo Crear una Sesión Interactiva?

Ejecute los siguientes comandos:

salloc --partition=all --nodes=1 --time=01:00:00 }} {{Command| srun -u bash -i

Esto abre un shell a un nodo del cluster. .

NOTE: Use este comando sólo para pruebas. Todos los trabajos deben ser ejecutados en modo batch

¿Cómo Ver la Cola de Trabajos?

Ejecute el siguiente comando:

squeue

Este comando muestra las tareas que se encuentran en la cola. La primera columna muestra el identificador del trabajo. Cada tarea puede tener un estado diferente:

• PD Pendiente o en espera
• R En ejecución
• CD El trabajo se ha completado en todos los nodos

Para más información ejecute el comando

man squeue

 

¿Cómo Hacer Uso de GPUs?

Agregue la opción --gres=gpu:N a los comandos srun o sbatch para especificar el uso de GPUs, done N es un número entero que indica la cantidad de GPUs a utilizar. En el caso del cluster guane va de 1 a 8.

¿Cómo Correr VASP?

En el directorio donde están los archivos de entrada de VASP cree un script de nombre vasp.sh con el siguiente contenido:

File: vasp.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=all #SBATCH -o vasp.%j.out 
#SBATCH -J vasp:test #SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks=24 #SBATCH --tasks-per-node=24 
# set I_MPI_PMI_LIBRARY to link with SLURM export I_MPI_PMI_LIBRARY=/usr/local/slurm/lib/libpmi.so 
source /usr/local/intel/parallel_studio_xe_2015/bin/psxevars.sh intel64 2> /dev/null 
ulimit -s unlimited -c unlimited 
srun -n $SLURM_TASKS_PER_NODE vasp

Luego, ejecute el siguiente comando

sbatch ./vasp.sh

Ejecutar Programas Utilizando OAR

¿Cómo Ejecutar Trabajos Seriales?

1) Editar un script shell, de nombre serial_job.sh, con el siguiente contenido

File: serial_job.sh

#!/bin/bash
#OAR -n nombreDelTrabajo
/camino/del/programa

Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La última línea es el camino absoluto del programa que se desea ejecutar.

2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

oarsub ./serial_job.sh

¿Cómo Ejecutar Trabajos Paralelos MPI?

1) Editar un script shell, de nombre parallel_job.sh, con el siguiente contenido

File: parallel_job.sh

#/bin/bash
#OAR -n mpitest
# cat $OAR_FILE_NODES | sort | uniq > nodos #Si descomenta esta línea podrá conocer cuales nodos le fueron asignados al trabajo
mpirun -map-by node  -mca btl ^openib -machinefile $OAR_FILE_NODES -np 96 ./programaParaleloEjecutable

Las primera línea indica que el archivo es un script shell. La segunda línea sirve para asignar un nombre al trabajo en el sistema de gestión de tareas. La siguiente línea está comentada (comienza con #), si la descomenta generará un archivo de nobre nodos que tendrá los nodos que le fueron asignados al trabajo. Finalmente, la última línea ejecutará el programa paralelo MPI. la opción -map-by node distribuye equitativamente los procesos entre los nodos asignados. La opción -machinefile $OAR_FILE_NODES indica en cuales nodos se ejecutará el programa paralelo; estos son seleccionados automáticamente por OAR.. La opción -np 96 indica cuantos procesos se generarán (usted lo puede cambiar según sus necesidades) y por último, ./programaParaleloEjecutable es el programa que se desea ejecutar.

2) Luego, ubíquese en el mismo directorio donde creó el scrip shell anterior y ejecute el siguiente comando

oarsub -l nodes=2 ./parallel_job.sh

La opción -l nodes=2 indica que el trabajo se ejecutará en 2 nodos del cluster. Usted puede cambiar este valor a conveniencia.

 

 

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