RESOLVIENDO PROBLEMAS BIOLÓGICOS

TÉCNICAS DE MANIPULACIÓN DE DATOS
Muchas veces los datos no se encuentran organizados en un sólo archivo.
Entonces debemos combinar los datos para obtener un conjunto utilizable para
nuestro análisis

COMBINANDO CONJUNTOS DE DATOS
Para este ejercicio tenemos varios archivos de datos:

	- gene.expression.txt: Contiene los valores de la expresión de genes
	- gene.description.txt: Información de los genes
	- cancer.patients.txt: Información de pacientes

OBJETIVOS
	- Buscar un gen específico en los datos
	- Buscar genes en una región genómica
	- Ejecutar una verificación para ver si un gen previamente conocido
	  muestra una diferencia en el conjunto de datos
	- Crear un mapa para agrupar las muestras y revelar sub grupos en los
	  datos

1) SELECCIONAR LOS DATOS

	valoresNormalizados <- read.delim("gene.expression.txt")
	head(valoresNormalizados)

Una fila por gen. Cada fila es nombrada de acuerdo a la tecnología utilizada
para realizar la medida.
Una columna por paciente

	anotacionGen <- read.delim("gene.description.txt",stringsAsFactors = FALSE)
	head(anotacionGen)

Una por cada gen. Contiene el mapeo entre el identificador del manufacturador
y el nombre del gen

	metadataPaciente <- read.delim("cancer.patients.txt",stringsAsFactors = FALSE)
	head(metadataPaciente)

Una fila por cada paciente. Una columna por cada característica del paciente
Por ejemplo, si un paciente es ER positivo (1) o negativo (0)

	table(metadataPaciente$er)

2) ORDENANDO LOS DATOS
R provee algunos filtros para ordenar y agrupar los datos. Por ejemplo,
obtener la información de los pacientes que son ER positivos

	metadataPaciente$ER == 0

Podemos realizar una comparación

	pacientesERnegativo <- metadataPaciente[metadataPaciente$er == 0,]
	head(pacientesERnegativo)

También se puede visualizar de la siguiente manera

	View(pacientesERnegativo)

Para ordenar, ejecute

	sort(pacientesERnegativo$grade)

La funcion "order" muestra la posición de acuerdo al valor del vector

	vector <- c(90,100,40,30,80,50,60,20,10,70)
	vector
	order(vector)

Esta función también trabaja sobre valores de caracteres

	firstName  <- c("Adam", "Eve", "John", "Mary", "Peter", "Paul", "Joanna", "Matthew", "David", "Sally")
	order(firstName)

Podemos construir un vector ordenado utilizando esta función

	vector.ord <- vector[order(vector)]
	vector.ord

Estas funciones las podemos utilizar en los datos dados

	pacientesERnegativoPorEdad <- pacientesERnegativo[order(pacientesERnegativo$age),]
	head(pacientesERnegativoPorEdad)

Podemos cambiar la dirección de ordenamiento

	pacientesERnegativoPorEdad <- pacientesERnegativo[order(pacientesERnegativo$age,decreasing = TRUE),]
	head(pacientesERnegativoPorEdad)

3) EJERCICIO

Se quiere conocer la información del cromosoma 8 que hayan sido medidos

	a) Cree un data frame con la información de los genes del cromosoma 8
	b) Ordene la información del data frame de acuerdo a la posición de
	   inicio y escríbalo en un archivo